Le comité de pilotage comprend un représentant de chaque membre fondateur du RMT. Il se réunit au moins une fois par an. Il est le lieu privilégié pour le soutien à des projets répondant à des appels à projets CASDAR, les choix de réorientation de certains crédits, l’accueil de nouveaux membres, la stratégie de communication. Un représentant de la mission DAR – DGER, des représentants de l’APCA et de l’ACTA (par ailleurs membres fondateurs du RMT) y sont associés ainsi que la chargée de mission du Bureau des sols et de l’eau du Ministère en charge de l’agriculture. A la demande de la DGER, un représentant des réseaux de lycées agricoles est invité aux comités de pilotage. Deux représentants de l’INRAE ainsi qu’un représentant du GIS Sol sont également invités dont le président du comité scientifique IGCS.