Le RMT dispose de quatre instances de gouvernance ainsi que des groupes de travail spécifiques
aux différentes actions : 

• Un groupe d'animation
• Un Comité technique
• Un Comité de pilotage
• Un Comité d’orientation

L'animation du RMT Sols et Territoires est répartie sur :

• un pilote chef de file du RMT, la Chambre Régionale d’Agriculture du Grand-Est, qui a pour principale mission l’organisation et l’animation des instances, le suivi administratif et financier, la coordination et la synthèse des comptes-rendus techniques et financiers ;
• un co-pilote scientifique du RMT, l’Unité InfoSol d'INRAE d’Orléans, qui est responsable de la coordination et de la cohérence scientifique et technique des différents axes de travail ; 
• un autre co-pilote, l'Acta ;

Le groupe d'animation 

• anime les instances,

• rend compte de l’avancement du RMT,

• gère administrativement et financièrement le RMT,

• active les partenariats

• est responsable de l'Axe 1 : animation du réseau