Le RMT dispose de trois instances de gouvernance ainsi que des groupes de travail spécifiques aux différentes actions : 

• Un Secrétariat
• Un Comité technique
• Un Comité Stratégique

Le Secrétariat du RMT Sols et Territoires est composé de :

• l’animatrice principale : Joëlle Sauter (CRA GE) ;
• un co-animateur scientifique : Antonio Bispo (INRAE) ; 
• une autre co-animatrice : Laure Soucémarianadin (ACTA) ;

Le secrétariat se réunit 1 fois par mois pour préparer l’animation des autres instances et organiser la représentation du RMT. Il

• active les partenariats,
• est responsable de l'animation du réseau,
• anime les instances,
• rend compte de l’avancement du RMT,
• gère administrativement et financièrement le RMT (chef de file).

La Chambre Régionale d’Agriculture du Grand Est, chef de file du RMT, a pour principale mission le suivi administratif et financier avec la coordination et la synthèse des comptes-rendus techniques et financiers.

L’Unité Info&Sols d'INRAE est responsable de la coordination et de la cohérence scientifique et technique des différents axes de travail.